結論から言うとイマイチ。

PHP を使ってる人は phpdoc の方で満足してて Doxygen 方面に声が届いていないのかもしれない。個人的には PHP も JavaScript も全部 Doxygen の Javadoc スタイルでカバーできれば言うことなしだと思っていたんだけど、そんなに甘くないようだ。

まず根本的な問題として PHP に対応していると言いながら、Doxygen は 「Javadoc スタイルのコメントが PHP の中にも書ける」程度にしか認識していない。設定ファイルの中に PHP に関する設定って出てこないし。やっぱ C/C++/Java を前提に作られている感じがすごくする。細かいところではファイルのインクルードを出力してくれないとかあるんだけど、基本的には

記述量少なめのスクリプト言語向きではない

感じがする。1.2.5 → 1.3.9 で HTML と PHP の混在にはずいぶん強くなったとは言え、まだまだ PHP の特徴をつかみきれてない。当面は phpdoc + jsdoc で行くのが現実的だと思う。Doxygen の latex 出力 → PDF 変換は結構ほしい機能なんだけどなぁ。