自分は Mac 使いで、mp4 の吐き出しを iMovie がやってくれるので、

ffmpeg で mp4 -> MS MPEG4

ってやるだけ。

MS MPEG4 対応の WMV のバージョンがいくつからとかまで知りません。普通にバージョン上げてください。Codec の追加が必要ないだけマシってことで。